Khoảng đầu năm 1905, Phan Bội Châu viết Việt Nam vong quốc sử, sau đó được Lương Khải Siêu đề tựa và in giúp. Thư cục Quảng Trí (Thượng Hải, Trung Quốc) ấn hành lần đầu tiên vào tháng 9 năm 1905. Năm sau (1906) sách được tái bản, và chỉ tính đến năm 1955, tác phẩm đã được in thêm 3, 4 lần nữa.

Phần đầu sách Việt Nam vong quốc sử (bản in năm 1906) có lời tựa của Ẩm Băng chủ nhân (Lương Khải Siêu), tiếp đến là lời mở đầu và 4 chương chính do tác giả viết.

Bốn chương chính là:

• Nguyên nhân và sự thật về Việt Nam mất nước:

Đại ý nói, triều đình nhà Nguyễn không biết chăm lo tu chỉnh về quân chính, mở rộng dân quyền... khiến nước nhà ngày càng suy yếu. Nhân cơ hội này, người Pháp đến xâm lược Việt Nam. Sau đó Phan Bội Châu thuật qua các cuộc chống Pháp: Ở Nam Kỳ có Nguyễn Huân, Nguyễn Trung Trực, Trương Công Định, Trương Bạch. Ở Bắc Kỳ có Nguyễn Tri Phương, Hoàng Diệu, Nguyễn Cao v.v... Ngoài ra, tác giả còn thuật cả các hành vi của những người Việt theo Pháp...

• Tiểu truyện các chí sĩ lúc nước mất, gồm:

Nguyễn Bích, Vũ Hữu Lợi, Đỗ Huy Liêu, Tống Duy Tân, Nguyễn Đôn Tiết, Đinh Văn Chất, Nguyễn Hiệu, Phan Bá Phiến, Lê Trung Đình, Trần Du, Phạm Toản, Lê Ninh, Hà Văn Mỹ, Nguyễn Sĩ, Nguyễn Hữu Chính, Nguyễn Xuân Ôn, Phan Đình Phùng v.v...

• Tình trạng người Pháp làm khốn khổ, ngu hèn, tối tăm người nước Việt Nam:

Trong phần này tác giả kể khá rõ các thứ thuế do chính quyền thực dân Pháp đặt ra trong thời đó: thuế điền thổ, nhân khẩu, nhà ở, bến đò, sinh tử, trước bạ, hiếu hỉ, thuyền đò, buôn bán, chợ búa, muối, rượu, đình chùa, công nghệ, địa sản, ruộng trồng và các thứ thuế thuốc hút v.v... Ngoài ra còn kể các hành động khác, như: dung túng cho bọn cường hào, bắt con gái lương thiện làm nghề mại dâm...

• Tương lai của Việt Nam:

Tác giả tin tưởng dân tộc Việt luôn có tinh thần quật cường bất khuất, nên nước Việt không thể bị diệt vong... Ở chương này, tác giả chia người Việt thời ấy làm 9 hạng, đặc biệt trong số đó có những người theo đạo Da-tô và người Việt đi lính cho Pháp (tức lính tập). Sau khi lập luận, Phan Bội Châu cho rằng hai hạng người này rồi cũng sẽ vùng lên đánh đuổi quân xâm lăng. Cuối chương, tác giả kết thúc bằng bài ca hô hào, giác ngộ các chú lính tập.

Lần in đầu, sách còn có phần phụ lục là bài Việt Nam tiểu chí ký tên là Tân Dân tùng báo xã viên biên tập.[1]

Ở Việt Nam, dưới thời Pháp thuộc, tác phẩm này được coi là một trong số những "yêu thư, yêu ngôn", bị chính quyền lúc bấy giờ cấm lưu hành và tàng trữ. Tuy nhiên, ngay khi in xong, sách vẫn được bí mật đưa về, nhưng chỉ được phổ biến trong một phạm vi hẹp. Năm 1907, sách Việt Nam vong quốc sử được dùng làm tài liệu học tập của trường Đông Kinh nghĩa thục.

Hiện nay, sách Việt Nam vong quốc sử in lần đầu chỉ còn một bản duy nhất và đang được cất giữ tại Thư viện trường Viễn Đông bác cổ (nay là Thư viện Viện Thông tin Khoa học xã hội ở Hà Nội), mang ký hiệu A. 2559.